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O vírus da síndrome reprodutiva e respiratória dos suínos (vPRRS) é um importante agente patogénico dos suínos que afecta a indústria suinícola em todo o mundo. O primeiro sistema de classificação de linhagens genéticas baseado na estrutura de leitura aberta 5 (ORF5), que descreve a diversidade genética global do vPRRS-2, foi introduzido há mais de uma década. Embora tenham sido propostas melhorias para a linhagem predominante nos EUA (linhagem 1), o sistema internacional de classificação filogenética do vPRRS-2 não foi avaliado e atualizado de forma exaustiva desde 2010.
Métodos: neste estudo, com base na análise de 82.237 sequências ORF5 globais relatadas durante 1989-2021, o vPRRS-2 foi classificado em 11 linhagens genéticas (L1-L11) e 21 sub-linhagens (L1A-L1F, L1H-L1J, L5A-L5B, L8A-L8E e L9A-L9E).
Resultados: O sistema de classificação proposto é flexível para crescer se forem necessárias linhagens adicionais, sub-linhagens ou classificações mais granulares. Por exemplo, para uma investigação epidemiológica mais aprofundada, a L1C foi dividida em cinco grupos (L1C.1-L1C.5), correspondendo a L1C.5 à variante L1C recentemente emergente. A comparação entre a tipagem por polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP) e a classificação filogenética revelou a inexatidão da utilização de RFLP para determinar o parentesco genético do vPRRS-2 na maioria dos cenários. Foi determinada a homologia genética de seis vacinas comerciais contra o vPRRS-2 com cada linhagem/sublinhagem e a frequência de deteção de vírus semelhantes aos da vacina. Foi apresentada a distribuição geográfica global de cada linhagem/sublinhagem. As alterações temporais dinâmicas do vPRRS-2 nos EUA durante 1989-2021 foram investigadas através da análise de 73.092 sequências ORF5.
Conclusão: Em resumo, este estudo melhorou a classificação filogenética baseada na ORF5 do vPRRS-2 e investigou a distribuição geográfica e as alterações temporais do vPRRS-2 ao nível da linhagem/sublinhagem. O sistema de classificação aperfeiçoado e os dados de epidemiologia molecular deste estudo serão valiosos para a futura caraterização do vPRRS-2.
Yim-im W, Anderson TK, Paploski IAD, VanderWaal K, Gauger P, Krueger K, Shi S, Main R, Zhang J. Refining PRRSV-2 genetic classification based on global ORF5 sequences and investigation of their geographic distributions and temporal changes. Virology. 2023. https://doi.org/10.1128/spectrum.02916-23
