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Os avanços na sequenciação do ADN aumentaram a possibilidade de gerar grandes quantidades de informação de sequências a custos mais baixos. Estes desenvolvimentos permitiram a caracterização e a detecção microbiana directamente de espécimes clínicos, conhecida como sequenciação metagenómica.
Foi realizada sequenciação metagenómica viral em pools de cinco amostras nasais e fecais por procedência (quatro matadouros e uma estação de compra de animais de refugo do sudeste dos Estados Unidos). As sequências foram montadas de novo e analisadas através de BLASTN para identificar os vírus presentes nas mesmas.
Foram identificados 27 vírus diferentes. Foram identificadas leituras semelhantes a uma família diversa de vírus de DNA circular de cadeia simples quase, em cada amostra (47 de 50). Outros vírus identificados nos cinco sítios de amostragem e em mais de metade das amostras foram bocavírus, torovírus, posavírus, vírus torque teno, vírus IAS, picobirnavírus e teschovírus. Os vírus identificados em vários dos sítios em mais de 20% das amostras incluíram enterovírus, parvovírus, vírus da gripe A, sapelovírus e Senecavírus A. Outros vírus suínos significativos detectados com menor frequência incluíram circovírus suíno tipo 2, vírus da diarreia epidémica suína e deltacoronavírus suíno.
Em conjunto, estes resultados sugerem que a sequenciação metagenómica é uma ferramenta poderosa para a caracterização e detecção de vírus.
Hause BM, Duff JW, Scheidt A, et al. Virus detection using metagenomic sequencing of swine nasal and rectal swabs. J Swine Health Prod. 2016;24(6):304–308.
