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Para conhecer melhor a evolução dos vírus da Gripe A (IAVs) durante a infecção de porcos vacinados, infectámos experimentalmente um porco não exposto de 3 semanas de vida com um IAV H1N1 triplo recombinante e alojámo-lo em contacto directo com um grupo de porcos vacinados da mesma idade (n = 10).
Indexamos a diversidade genética e a evolução do vírus a nível intra-hospedador através da sequenciação profunda de todo o genoma a partir de zaragatoas nasais recolhidas em duas amostragens separadas durante a infecção. Obtivemos 13 metagenomas de IAV a partir de 13 amostras, que incluíam o vírus inóquo e duas amostras de cada um dos seis porcos que ficaram positivos a IAV durante o estudo. A infecção produziu uma população de alelos heterogéneos (variantes sequenciais) que era dinâmica no tempo. Em conjunto identificamos 794 polimorfismos entre todas as amostras, que se distribuiram em 327 alelos, 214 dos quais eram sequências únicas. Foram trasferidas um total de 43 proteínas de hemaglutinina distintas, duas das quais foram observadas em múltiplos porcos, enquanto que se conservou a neuraminidase (NA) e só se encontrou uma NA dominante durante todo o estudo. A diversidade genética de IAVs mudou dinamicamente entre os porcos. No entanto, a maioria das substituições observadas nos segmentos internos dos genes eram sinónimos.
Os nossos resultados evidenciam uma destacável diversidade de IAV e a complexa, rápida e dinâmica evolução de IAV durante a infecção de porcos vacinados que só pode ser apreciada com amostras repetidas de animais individuais e análises sequenciais profundas.
Diaz A, Enomoto S, Romagosa A, Sreevatsan S, Nelson M, Culhane M, Torremorell M. Genome plasticity of triple-reassortant H1N1 influenza A virus during infection of vaccinated pigs. J Gen Virol. 2015 Oct;96(10):2982-93. doi: 10.1099/jgv.0.000258. Epub 2015 Aug 5. PMID: 26251306
