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Em 2007, registou-se na Geórgia um surto de peste suína africana (PSA), uma doença mortal dos suínos domésticos e dos javalis causada pelo vírus da peste suína africana (vPSA), que, desde então, se propagou a todo o mundo. Historicamente, o PSA foi classificado em 25 genótipos diferentes. No entanto, um sistema recentemente proposto recategorizou todas as estirpes do vírus em 6 genótipos, utilizando apenas as sequências previstas da proteína p72. No entanto, o genoma do vPSA é muito grande, codificando 150-200 genes, o que torna as classificações baseadas num único gene insuficientes e enganadoras, uma vez que as estirpes que codificam um p72 idêntico têm frequentemente mutações significativas noutras áreas do genoma.
Métodos: Neste estudo, apresentamos uma nova classificação de vPSA baseada em comparações efectuadas considerando todo o proteoma codificado. Analisámos a semelhança entre sequências de proteínas homólogas a partir de uma base de dados selecionada, composta pelas sequências de proteínas previstas para serem codificadas por 220 genomas de vPSA reanotados. Foram aplicados pesos às matrizes de identidade das proteínas e calculada a média para gerar uma matriz de identidade genoma-genoma que foi depois analisada por um algoritmo de aprendizagem automática não supervisionada, DBSCAN, para separar os genomas em grupos distintos.
Conclusão: Conclui-se que todos os genomas disponíveis do vírus da PSA podem ser classificados em 7 biótipos distintos.
Dinhobl M, Spinard E, Tesler N, Birtley H, Signore A, Ambagala A, Masembe C, Borca MV, Gladue DP. Reclassification of ASFV into 7 Biotypes Using Unsupervised Machine Learning. Viruses. 2024; 16(1): 67. https://doi.org/10.3390/v16010067
