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Senecavirus A (SVA) é um vírus ARN monocatenário de sentido positivo que pertence ao género Senecavirus, familia Picornaviridae. A primeira estirpe SVA, SVV-001, foi identificada como contaminante no sobrenadante da linha celular PER.C6. No Canadá, foi descorto que o SVA causa a doença vesicular idiopática suína, que produz erosão e vesículas no focinho e cavidade oral do porco. Desde então, foram sendo reportados alguns surtos nos Estados Unidos, Brasil, China, Tailândia e Colômbia.
Desde o primeiro aparecimento do SVA na China em 2015, não tem havido reportes sobre isolamento de SVA em porcos sem sinais clínicos, apenas de líquido vesicular.
Neste estudo foi determinada uma nova sequência completa do genoma da estirpe GX2018-92 de SVA, que foi isolada de um porco assintomático num matadouro na China, em Junho de 2018. Esta amostra não demonstrou nenhuma alteração patológica e foi verificado como positivo para ARN de SVA através de PCR com transcripção inversa (RT-PCR). Em seguida, foi inoculado o sobrenadante filtrado em células BHK e foram realizadas três passagens cegas e seriadas até ser observado um efeito citopático. O vírus foi purificado através de um ensaio de formação de placas e o ARNm foi extraído usando TRIzol (Thermo Fisher, EEUU). A RT-PCR foi realizada utilizando um kit de RT-PCR PrimeScript One-Step (TaKaRa Bio, Inc., Japão) junto com 8 primers emparelhados (desenhados de acordo com as sequências da estirpe SVV-001 [número de acesso GenBank NC_011349] e uma estirpe chinesa [número de acesso GenBank MF893200]) para amplificar todo o genoma de SVA.
Os produtos da PCR foram clonados e sequenciados (Sangon, China). As sequências terminais 5 ' e 3' foram determinadas utilizando um kit para a amplificação rápida dos extremos cDNA (RACE; 3′ RACE e 5′ RACE). Todos os fragmentos foram amplificados e sequenciados três vezes em ambas as direcções e as leituras foram ensembladas pelo DNAStar para construir um genoma quase completo da estirpe GXT2018-92 de SVA.
Esta estirpe consta de 7.280 nucleótidos (nt) e tem uma estrutura semelhante à de outros vírus da familia Picornaviridae. É composta de uma região não traduzida (UTR) 668-nt 5′, uma UTR 66-nt 3′ e uma zona aberta de leitura (ORF) que mapeia a partir das posições 659 a 6546 e codifica uma poliproteína de 2.182 aminoácidos. A poliproteína é composta de uma proteína líder (L), quatro proteínas estruturais (VP4, VP3, VP2 e VP1) e sete proteínas não estruturais (2A, 2B, 2C, 3A, 3B, 3C e 3D). A análise filogenética indicou que GXY2018-92 estava mais estreitamente relacionado com as estirpes chinesas KY419132 e KY747510 que com qualquer outra estirpe SVA no GenBank. Ainda que o vírus GXT2018-92 tenha sido isolado de uma amostra de porco com infecção subclínica, não pertence a um ramo evolutivo diferente de outras estirpes que possam causar sintomas vesiculares. A sequência do genoma de GXY2018-92 partilhou 97,7% e 93,2% de identidade a nível de nucleótidos com as estirpes SVA SVA/HLJ/CHA/2016 (número de acesso GenBank KY419132) e SVV-001 (número de acesso GenBank NC_011349), respectivamente. Partilha maior homologia com uma estirpe clássica SVV-001, o que indica que as mutações de nucleótidos da estirpe epidémica continuaram a evoluir.
Em conclusão, estes dados do genoma para GXT2018-92 ajudarão na compreensão das características moleculares evolutivas de SVA.
Zhang Z, Ni B, Zhang L, et al. Complete Genome Sequence of a Novel Senecavirus A Isolate from an Asymptomatic Pig in China. Microbiol Resour Announc. 2019;8(14):e01660-18. Published 2019 Apr 4. doi:10.1128/MRA.01660-18
