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A diarreia neonatal é um dos problemas mais frequentes nas explorações suínas de todo o mundo. A grande maioria das diarreias neonatais são causadas por agentes infecciosos e estão directamente relacionadas com práticas inadequadas de limpeza e desinfecção. A norma generalizada de tentar maximizar o uso das instalações pôs muita pressão sobre a maternidade, reduzindo, ou eliminando, o tempo de espera uma vez que as jaulas estejam limpas e desinfectadas. A consequência final é uma pressão de infecção extremamente alta, que causa infecções diarreicas recorrentes, e que sempre se tentam superar utilizando o detergente e/ou o desinfectante mais avançado. Contudo, no final não há nada mais eficaz que uma lavagem adequada e uma secagem através de um tempo de vazio sanitário apropriado. Os agentes infecciosos associados a esta situação costumam ser a Escherichia coli enterotoxigénicas (ETEC), o Rotavirus A, B e C, o Clostridium perfringens tipo A e C, o Clostridium difficile e a Isospora suis. As infecções por coronavirus como o vírus da Gastroenterite Transmissível (TGEv), o vírus da Diarreia Epidémica Suína (DESv) e os deltacoronavirus são suficientemente patogénicos para causar problemas inclusive em boas condições de maneio, mas são piores quando a limpeza não é a correcta.
O primeiro passo para o diagnóstico correcto da diarreia neonatal infecciosa é a selecção dos animais. Há que escolher o leitão que começa com a diarreia clínica mas que ainda não está letárgico nem desidratado. O facto de seleccionar animais que estejam no início da foença pode ser o ponto crítico para a detecção, ou não, de muitos agentes virais como o rotavirus e o coronavirus. A quantidade de particulas virais nos enterócitos de animais recém infectados é muito mais elevada que em leitões crónicos. Os leitões infectados cronicamente terão perdido o epitélio que cobre as criptas pelo que será mais difícil encontrar o antigene ou o RNA vírico.
A amostra ideal para o diagnóstico de agente patogénicos entéricos neonatais é o envio de leitões vivos. Devido a que a histopatologia é o método diagnóstico principal, o tempo decorrido desde a morte e a autolise é os principal impedimento para uma avaliação correcta das lesões e para a detecção de agentes infecciosos nas células entéricas. Por exemplo, 20 - 30 minutos após a morte há um desprendimento difuso dos enterócitos da ponta das vilosidades devido à autolise, que torna impossível o diagnóstico histopatológico de ETEC e I. suis. Duas horas pós-mortem, todo o tecido desde o meio até à ponta das vilosidades torna-se eosinofílico sem distinção entre células devido à autolise. Como a maioria das amostras chegam ao laboratório no dia seguinte ao da sua recolha, o envio exclusivo de amostras intestinais limitaria significativamente, ou inclusive impediria, uma avaliação histológica apropriada. Como consequência, é básico que, se não se mandam animais vivos para o laboratório, se façam recolhas das amostras intestinais justamente após a eutanásia dos leitões. Os fragmentos de intestino devem ter entre 2 e 3 cm de comprimento e proceder de 2 porções do íleon, entre 4 e 5 do jejuno, uma do cego, uma do cólon proximal e 2 do cólon espiral e estarem fixadas em formalina (a 10%) em sacos ou recipientes de plástico. Também se devem enviar linfonodos mesentéricos e fragmentos de fígado. Todas estas amostras serão utilizadas para exame histopatológico e, nalguns casos, também para imunohistoquímica (PED, TGE, Rotavirus) ou hibridação in situ (ISH).
Além das amostras fixadas em formalina, é importante enviar amostras frescas para bacteriologia, virologia e análise molecular e biológica. Os fragmentos devem ter entre 10 e 15 cm de comprimento do íleon e do jejuno e as restantes porções do cego e do cólon espiral e podem ser enviadas num saco de plástico. Os linfonodos mesentéricos e os fragmentos de fígado devem ser enviados em sacos separados, para evitar contaminações.