Medir o nível de protecção dos suínos contra diversos agentes patogénicos é complexo e por vezes decepcionante. Dependendo do agente que nos interessa, a medição de diversas reacções imunitárias contra o agente patogénico específico pode-se correlacionar com a protecção. No caso do PRRS, contudo, não se conhecem correlações de protecção, o que significa que não há nenhum teste laboratorial que possa responder definitivamente à pergunta: em que medida está um suíno protegido contra o PRRS?
A resposta humoral ou celular do sistema imunitário pode ser, potencialmente, medida com a finalidade de medir a protecção. A determinação mais comum da resposta imunitária contra o vírus PRRS é a análise de anticorpos através de técnicas ELISA. Os testes ELISA, geralmente, medem os anticorpos dirigidos contra a nucleoproteína do vírus PRRS, uma proteína viral altamente expressa. Estes anticorpos não estão correlacionados com a protecção e só permitem determinar se um animal teve contacto prévio com o vírus PRRS (López, 2007). Contudo, não se pode distinguir se estes anticorpos se dirigem contra um vírus de campo ou um vírus vivo modificado de uma vacina. Além disso, estas análises não permitem a diferenciação entre os anticorpos de origem maternal e os anticorpos produzidos activamente pelo leitão.
Outras opções para medir a resposta imunitária e a protecção dos suínos contra o PRRS incluem a determinação de anticorpos neutralizantes ou da resposta imunitária celular. Ambas poderão estar envolvidas na protecção, mas a sua relevância na imunidade contra o PRRS discute-se de forma controversa na bibliografia. Os anticorpos neutralizantes contra o PRRS aparecem frequentemente próximos do momento no que o vírus PRRS é eliminado do sangue, o que sugere um papel crucial dos anticorpos neutralizantes na eliminação de vírus. Em estudos experimentais, elevadas doses de anticorpos neutralizantes preveniam a infecção transplacentária de PRRS aos fetos e transmitiam imunidade esterilizante à porca e aos leitões no útero (Osorio, 2002, López, 2007). Contudo, outros ensaios mostraram que o vírus PRRS foi eliminado do sangue de animais infectados sem níveis mensuráveis de anticorpos neutralizantes (Diaz, 2006) o que, na presença de anticorpos neutralizantes, ainda poderia permitir que se isolassem vírus PRRS do sangue de suínos infectados (Vezina, 1996). No final, o papel dos anticorpos neutralizantes na protecção contra o PRRS não é totalmente claro e a sua determinação nos diagnósticos de rotina não é factível (veja-se mais à frente).
A resposta imunitária celular à infecção por PRRS não está tão bem estudada como a imunidade humoral, ainda que possa ser crucial para uma resposta imunitária protectora. A medição das células secretoras de interferão gamma (IFN-γ) específicas para PRRS através da análise de imunospot ligado a enzimas (ELISPOT) é a que se realiza com maior frequência para medir a resposta imunitária mediada por células. Tal como a medição de anticorpos neutralizantes específicos contra o PRRS, os actuais testes ELISPOT não são adequados para o diagnóstico de rotina, já que são análises caras e trabalhosas. Requerem o isolamento de células de sangue ou tecidos e uma re-estimulação dessas células isoladas com o vírus PRRS homólogo. Com excepção da determinação da resposta imunitária celular induzida pela vacina, a estirpe PRRS homóloga normalmente não está disponível para a re-estimulação das células, já que o isolamento do vírus PRRS não se realiza rotineiramente para cada exploração individual. O mesmo se aplica para a determinação de anticorpos neutralizantes que também requer vírus homólogo.
A elevada diversidade genética do vírus, não só complica as análises laboratoriais, como também a estimativa do nível de protecção dos suínos contra o PRRSV. Vários estudos demonstraram que se pode atingir uma protecção completa, ou seja imunidade estéril, infectando porcos de forma consecutiva com exactamente o mesmo vírus (Lager, 1997, 1999). Também se demonstrou que a protecção homóloga pode durar muito tempo, durante pelo menos 604 dias (Lager, 1997). Contudo, um animal que está protegido contra uma estirpe de PRRS não está necessariamente protegido contra estirpes heterólogas. O nível de protecção heteróloga pode variar muito e é impossível prevê-la. A análise da sequência, especialmente quando se realiza numa parte do genoma viral, o mais habitual nos diagnósticos de rotina (por exemplo, ORF5), não pode utilizar-se para avaliar a protecção. Em particular, a homologia entre um vírus de campo específico com diferentes isolados de vírus vacinal não se pode utilizar para a selecção de vacinas. Além da variabilidade do vírus, os factores do hóspede também influenciam no nível de protecção heteróloga. As investigações realizadas principalmente nos Estados Unidos demonstraram que o genoma do hóspede, ou seja, o plano de fundo genético do porco, tem influência na susceptibilidade contra o PRRS.